apache側でAPP_ENVを指定していると.envは使用されないので、テンプレート管理は動作しなくなるためこの辺りが原因として考えやすいのですが

その対策でapacheのファイルで ECCUBE_TEMPLATE_CODEもSetEnvされているということですね。


引用：

このSetEnvの書き方ってイコールをつけても動作するのでしたっけ？

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ゴールドランク インテグレートパートナー U-Mebius

>このSetEnvの書き方ってイコールをつけても動作するのでしたっけ？
その他のSetEnvの記述を確認したところイコールではなく半角スペースだったので、半角スペースに直したところ無事購入したテンプレートが適用されました。

大変お騒がせいたしました。

早期解決した事に関して、諸々ご返信いただきありがとうございました。