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[EC-CUBE] 3.0.18
[サーバ] さくらのクラウド
[OS] FreeBSD 13.0-RELEASE 64bit
[PHP] PHP 7.3.31
[データベース] MySQL 5.7
[WEBサーバ] Apache/2.4.51
[導入プラグインの有無]
GmoEpsilon 1.2.1
お問い合わせ管理
受注対応状況一括更新 for EC-CUBE3
売上集計プラグイン
配送伝票番号csv一括登録
FAQ管理プラグイン
ソーシャルボタンOGP
定休日管理プラグイン
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商品詳細ページレコメンドプラグイン for EC-CUBE3
最近チェックした商品
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メンテナンスプラグイン
他
[カスタマイズの有無] 購入確認画面の「お問い合わせ」欄を非表示にしている
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GmoEpsilonのプラグインで「登録済みのクレジットカードで決済」で商品を購入したところ、
Epsilon側で「課金済み」になっているのにEC-CUBE側で「決済処理中」のまま、という現象が発生しました。

GmoEpsilon_********.log を参照したところ、以下の様なログが時間を空けて複数出力されていました。

gmoepsilon.ERROR: Epsilon_Pay_Complete : POST param argument Array (
[trans_code] => 396513407
[order_number] => 注文ID
[payment_code] => 1
[contract_code] => 74033280
[state] => 1
) [] []

GmoEpsilonからの送信をEC-CUBE側で受信エラーになっていて、リトライが発生していると思われます。

どういった原因が考えられますでしょうか。
対策方法がありましたら、併せてご教示いただけると幸いです。

以上、よろしくお願い申し上げます。

まず、GmoEpsilonからの送信されApacheなどのWebサーバへは正常にアクセスされているかの確認とEC-CUBE側でどの様に処理されているかそれぞれログを確認してみてください。
EC-CUBEのログ保存先であれば、下記の公式ドキュメントに記載されています。
https://doc.ec-cube.net/guideline_log#%E3%83%AD%E3%82%B0%E5%87%BA%E5%8A%9B%E5%85%88%E5%8F%8A%E3%81%B3%E5%87%BA%E5%8A%9B%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB%E5%90%8D

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EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
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Apache のログでは、該当する時間にエラーは発生してませんでした。

EC-CUBE のログは、お客様のものと思われるIPアドレスで検索した結果、以下の通りでした。
（IPアドレスとECサイトURLは*に変換）

■site_********.log
eccube.INFO [NULL] [b2ff4b36] [NULL] [RouterListener:onKernelRequest:148] - Matched route "shopping_confirm". {"route_parameters":{"_controller":"\\Eccube\\Controller\\ShoppingController::confirm","_route":"shopping_confirm"},"request_uri":"https://**********/shopping/confirm"} [POST, /shopping/confirm, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
eccube.INFO [b875ea19] [b2ff4b36] [7102] [LogListener:logResponse:94] - < 302 https://**********/shopping/epsilon_payment [POST, /shopping/confirm, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
eccube.INFO [NULL] [833cbbfb] [NULL] [RouterListener:onKernelRequest:148] - Matched route "epsilon_shopping_payment". {"route_parameters":{"_controller":"\\Plugin\\GmoEpsilon\\Controller\\PaymentController::index","_route":"epsilon_shopping_payment"},"request_uri":"https://**********/shopping/epsilon_payment"} [GET, /shopping/epsilon_payment, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
eccube.INFO [b875ea19] [833cbbfb] [7102] [LogListener:logRequest:83] - > GET /shopping/epsilon_payment [GET, /shopping/epsilon_payment, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
eccube.INFO [b875ea19] [833cbbfb] [7102] [LogListener:logResponse:94] - < 302 https://secure.epsilon.jp/cgi-bin/order/card3.cgi?trans_code=UH7RmZkqKc5nmb6PUKK5Og77 [GET, /shopping/epsilon_payment, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]

■front_site_********.log
front.INFO [NULL] [947b0164] [NULL] [LogListener:onKernelRequestEarly:47] - INIT [POST, /shopping/confirm, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
front.INFO [b875ea19] [947b0164] [7102] [LogListener:onKernelRequest:60] - PROCESS START ["shopping_confirm"] [POST, /shopping/confirm, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
front.INFO [b875ea19] [947b0164] [7102] [LogListener:onKernelResponse:86] - LOGIC END ["shopping_confirm"] [POST, /shopping/confirm, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
front.INFO [b875ea19] [947b0164] [7102] [LogListener:onKernelTerminate:95] - PROCESS END ["shopping_confirm"] [POST, /shopping/confirm, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
front.INFO [NULL] [92d3933b] [NULL] [LogListener:onKernelRequestEarly:47] - INIT [GET, /shopping/epsilon_payment, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
front.INFO [b875ea19] [92d3933b] [7102] [LogListener:onKernelRequest:60] - PROCESS START ["epsilon_shopping_payment"] [GET, /shopping/epsilon_payment, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
front.INFO [b875ea19] [92d3933b] [7102] [LogListener:onKernelController:73] - LOGIC START ["epsilon_shopping_payment"] [GET, /shopping/epsilon_payment, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
front.INFO [b875ea19] [92d3933b] [7102] [LogListener:onKernelResponse:86] - LOGIC END ["epsilon_shopping_payment"] [GET, /shopping/epsilon_payment, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]
front.INFO [b875ea19] [92d3933b] [7102] [LogListener:onKernelTerminate:95] - PROCESS END ["epsilon_shopping_payment"] [GET, /shopping/epsilon_payment, ***.***.***.***, https://**********/shopping, Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/133.0.0.0 Safari/537.36]

「購入処理完了」のログはありませんでした。
それでステータスが「入金済み」に変わっていなかったのだと思います。

こちらから、何か分かりますでしょうか。

ログに関しては知識不足で申し訳ありませんが、ご回答の程、よろしくお願い申し上げます。

ログは、INFOログですのでエラーログではないです。

また、

との事ですがここで言っている「お客様」というのはECサイトから商品購入したお客様という事ですか？

それであれば、

と最初の投稿内容のGmoEpsilonからの送信とは違うはずかと思います。

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URL: https://miworks.biz/
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ご回答ありがとうございます。

GMOイプシロン社より「EMV 3-Dセキュア」について案内がありまして、以下のプラグインをアップデートしました。
EC-CUBEペイメントPlus決済プラグイン(3.0系)
https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=2208
こちらはインストールはしていますが、無効（停止中）にして使用していません。

決済は「GmoEpsilon」のプラグインを使用しています。
https://www.ec-cube.net/products/detail.php?product_id=1081

しかし、GmoEpsilon の過去のログを調査したところ、上記アップデートした日時から ERRORログが多発しています。
ただ、決済処理自体は問題なくできていて、事象が発生したのは１件だけです。
このアップデートが影響しているかどうかは不明ですが、何かご存じの方がいらっしゃれば、ご回答をよろしくお願いします。

引用：

このエラーログが残る理由としては、
送られてきている契約コード(contract_code)がプラグインに設定してあるものと異なるか、
送られてきている注文ID(order_number)の受注が存在しないか、どちらかです。

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お任せください。ゴールドパートナー。

GMOイプシロン社のサポートセンターにも問い合わせたところ、
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購入者様のネット接続環境により、決済完了ページに遷移される前に
接続を切られてしまった等の可能性が考えられます。
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と回答がありました。
明確なエラーログが他になかったので、これが原因ではないかと思われます。

ご対応、誠にありがとうございました。