ラピッドサイトのVPSサーバーに2.12のインストールを試みましたが、
インストールディレクトリーのアクセス時にタイムアウトが出て先へ進めません。

具体的には

Fatal error: Maximum execution time of 90 seconds exceeded in ドメイン/eccube/html/install/index.php on line 31

と出ます。タイムアウト時の解決策としてphp.iniの設定を変えるといいということで
max_execution_timeを60から90に変えたのですが、同じでした。

ソースの記述を見てみると

while (ob_get_level() >= 1) {
ob_end_clean();
}

のところで引っかかっている感じです。

アドバイス頂ければ幸いです。