郵便番号をDBにインポートする際にタイムアウトが発生すると、DB手動登録でタイムアウトした時点から継続して処理を続けられる仕様だと思いますが、INSERTするレコードのIDカウント処理に問題がありました。過去ログ等見ていませんのでもしかしたら既知かもしれませんが、投稿しておきます。

EC-CUBE 2.12.0
/data/class/pages/admin/bases/LC_Page_Admin_Basis_ZipInstall.php

function insertMtbZip($start = 1)
の内部で、既存レコードをスキップする処理がありますが、IDカウントもスキップしているため、途中から再開するとID重複でエラーが発生します。インクリメントするの位置を変更して解決しました。

251d250
< $cntInsert++;
252a252
> $cntInsert++;