他のスレッドにもあったんで、その通りにしても、上手くいかなかったので、質問をさせて頂きました。
私がやった作業は、以下のようになります。

EC-cubeバージョン　：　2.12.3

１）システム設定＞マスターデータ管理　mtb_mail_template を選択
　　ＩＤと値を追加
　　ＩＤは、数字が重ならないように追加
　　（仮にここで７とします）
　　値を仮に　”送料のお知らせ“　とします。

２）次にSmarty/templates/default/mail_templates　に
　　　order_mail.tpl という元々存在したファイルをコピーして
　　　名前のみを　order2_mail.tplに変更して同じフォルダー内
　　　に保存

３）システム設定＞マスターデータ管理　mtb_mail_pathに
　　　ID;7　に　mail_templates/order2_mail.tpl　を記載して
　　　登録保存

４）受注管理画面にて　メール個別通知を開いて
　　テンプレートの欄にて　”送料のお知らせ”　を選択
　　そうすると　ヘッダー、フッターに　登録した文章が
　　出現します。

５）送信内容を確認をクリック
　　　画面が変わって送信内容が見れる段階になるはずが
　　　何もなく、空欄のままです。

６）ここで、確認の為に
　　システム設定＞マスターデータ管理の mtb_mail_path　　
ID;7　に登録した　mail_templates/order2_mail.tpl
　　order2_mail.tplを　元々存在した order_mail.tplに
　　変更して登録。

７）受注管理画面にて　メール個別通知を開いて
　　テンプレートの欄にて　”送料のお知らせ”　を選択
　　そうすると　ヘッダー、フッターに　登録した文章が
　　出現します。

８）送信内容をクリックすると
　　内容が全て見れます。

order という　tplファイルの内容を変更せず、
ただ単にファイル名だけを変更したのに見れないので、
かなり悩んでいます。。。

かなり長文になりましたが、より詳細に解って頂く為に
記載しました。
ご教授をお願い致します。

ciao6 様

新しくメールテンプレートを作成したのにも関わらず、テンプレートの本文が表示されないということですが、私の方では同じバージョン(2.12.3)でciao6様の手順通り致しましたところ、何事もなく表示されました。

表示されない可能性としていくつか考えましたところ

?テンプレートディレクトリの場所が違う

管理画面のパラメータ管理から登録できる TEMPLATE_NAME というパラメータには"default"という値が登録されていますでしょうか？
デザインテンプレートを使用している場合、"default"ではなく別のテンプレート名が登録されます。その場合、現在有効になっているメールテンプレートはSmarty/templates/default/mail_templates/
配下ではないと考えられます。

?パーミッションの問題

こちらの可能性は低いですが、order2_mail.tplのread権限がapacheに付与されていない場合、管理画面で本文が非表示なります。
基本は644などになっているため、問題なく表示されることが多いです。

以上2点推察してみましたが、いかがでしょうか？

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アイピーロジック株式会社
EC-CUBE専用メール配信サービス「PostCarrier for EC-CUBE」
[url=http://www.rakusite.net/]EC-CUBE専用サイト保守監視サービス「らくらくサイト保守

ちょうど似たような問題にぶつかりました。

/data/cache/mtb_mail_template.serial
/data/cache/mtb_mail_tpl_path.serial

を削除してみてください。
もしこれでできたらラッキーくらいでやってもらうといいかも＾＾；

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EC-CUBE3っぽいテンプレート
GitHub で公開中
https://github.com/bluestylejp

お問い合わせ番号CSV登録&メール送信プラグイン
http://urx.red/qDT6

私の稚拙なご質問にレスを頂き、ありがとうございます。
iplogic　様のレスがヒントになり、解決しました。

一番重要な手がかりは、　TEMPLATE_NAME というパラメータに
おいて　default という値です。
私が現在、使用しているテンプレート名は、仮にここで”Good "
という名前にします。
以下のような手順で解決しました。

１）Smarty/templates/default/mail_templates　に於いて
　　Good　というフォルダーが、templates　の下に作成
　　されます。

２）その　Good　というフォルダーの中に　mail_templates
　　というフォルダーがあり、その中に　order_mail.tpl　が
　　あります。 Good　というフォルダーの中に　order2_ mail
を置かなかったので、このような問題が発生しました。

３）サイトのテンプレートの変更時には、　mail_templates　の
　　フォルダーおいて使用している　テンプレート　名の直下
　　の mail_templates　フォルダーを使用している事に気が
　　付きませんでした。

ご迷惑をおかけしました。
ひょっとすると他のテンプレートを使用している人もこのような
事態が発生しているかもしれません。

ご返信ありがとうございました。