現状だと、
https://xxx.jp/html/ を https://xxx.jp/ に、
https://xxx.jp/index.php を https://xxx.jp/ に、
この2つの処理は入っています。

ただ、全ページで、
https://xxx.jp/products/list?category_id=2
https://xxx.jp/index.php/products/list?category_id=2
このように/index.php/を挟む挟まない、どちらでもアクセスできてしまいます。

そして、サーチコンソールで重複と判定され、
検索結果にも/index.php/有り無しの2つが出てきてしまっています。

これを改善したいのですが、どのようなことをすればいいでしょうか。
よろしくお願いいたします。

index.phpをURLに含めた場合、ページが表示されるのは正常な動作かと思います。
通常、index.php付きのURLはgoogleに収集される事はないと思うのですが、
サイトマップ、もしくはサイト内のaタグ等にindex.php付きのURLが存在しているのでしょうか？

サイト上にURLが別で中身が同じページがある場合、
以下のタグを使って、正しいURLをGoogleに伝える必要があるかと思います。

<link rel="canonical" href="index.phpを含まないURL">
テンプレートにこのタグを追加すれば良いのではないでしょうか？

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ご回答ありがとうございます。

やはり正常ですよね...。
サーチコンソールでindex.php付きでフィルターかけると数千ページあるので多分全ページ分あるんです。

どこかに間違えてindex.php付きのリンク等があったとしても数千ページ分あるとは考えにくいです。
サイトマップも検索してみましたが、index.php付きはありませんでした。

商品ページ含め、全ページにcanonicalを入れるのは大変かと思い、リダイレクトとかでどうにかならないかなと思ったんですが、
そもそもgoogleに収集されてるのが異常なんですよね。

1つでもindex.php付きのURLが収集されると、
ECCUBEの仕様上、全てのリンクがindex.php付きのURLで作られるので、
全ページそのまま収集されてしまったのかと思います。

index.php無しのURLが既にリダイレクトを利用して、
内部的にindex.phpを通しているので、
その逆のリダイレクトを設定すると、ループしてWEBサイトが表示されなくなると思います。

私もそのような収集をされたという話を聞いた事がないので、
どう対処するのが正しいのか分かりませんが、
サーチコンソールでURLを削除するのも大変かと思いますので、
canonicalを入れていくのが無難な気がします。

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