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[EC-CUBE] 3X系でポイントプラグインは、有効期限の機能などはないようにみえるのですが、設定などはできますか？

有効期限の設定は実装されていません。

有効期限付きポイントの機能の実装は、大変複雑です。
注文キャンセルや、注文明細変更に伴う利用ポイント戻しをする際、
「ポイントを戻す対象は、どの注文で発行したポイントか?」
等の情報を管理する必要があり、ポイントプラグインは、そこまで考慮できていません。