[EC-CUBE] 1.4.5正式版(新規インストール)
[レンタルサーバ] CORESERVER
[PHP] PHP 5.2.5
[データベース] MySQL 5.1.22
[WEBサーバ] apache1.3.37
[現象] 受注番号が重複してクレジット決済がエラーになります。

クレジット決済が完了したにもかかわらずec-cube側に完了の履歴が残っていないケースがあります。
この取引が原因なのか判定はできていないのですが、
それ以降、複数の、同じ受注番号(order_id)が発行されたログが残っており、
受注番号が重複した結果、カード会社側ではエラー処理となって、
正常に取引できないケースが出てしまいました。

決済代行会社側でも調べていただいているところですが、
ec-cube側で同様の問題を経験された方はいらっしゃいますでしょうか。

ちなみに決済代行会社様はどちらですか？
EC-CUBEの標準モジュールを使用しているのでしょうか？

はい、標準モジュールを使用しています。
EC-CUBEをインストールした時点で最新のものを利用しています。
決済代行会社様は、すいません、現時点では控えさせてください。

どの決済モジュールの話なのか分からないと、対処のしようもありません。

決済モジュールの問題とは限らないようなので、
記載させていただきます。モジュールはルミーズの決済用モジュールです。

その後判明したことですが、
お客様は、マック（Mac OS X）のデフォルトブラウザSafariでアクセスしてきており、
数回カード決済を試されたが、どれも失敗したとのお話でした。
残念ながらSafariのバージョンまでは伺えませんでした。

こちらのテストでもSafariでのお買い物は不可となっておりますが、
今後、
マックからアクセスされるユーザは少なくないと考えらるだけに、
「推奨ブラウザ」の記載という方法ではなく、
マックからでも問題なく取引が可能な状況できれば一番良いと考えております。

こちらで把握している状況を再掲させていただきますと、

カード決済代行側の取引データでは取引完了しておりますが、
EC-cube側には取引完了の記録が残りません。
DB内には、このカード決済前のドラフト取引情報が残っており、
なおかつ、次の取引の受注番号が確保する動作があるにもかかわらず、
受注番号が繰り上がらず、重複してしまっている、という状況です。