EC-CUBE 4.0.5
クロネコヤマト　カード・後払い一体型決済サービス(4系) 1.2.1

プラグインの問い合わせ先がないのでここに記載します。

クレジットカードの支払方法設定において、
「自動カード登録」を「利用する」にすると自動カード登録機能が使用できず、
「利用しない」にすると自動カード登録機能が使用できてしまいます。

フラグが逆になっていると思われます。