商品登録ごとに規格も新規で登録する方が良いのか、
又はある程度、種類が増えようが同じ規格で運用した方が良いのか迷っております。

例えば
Tシャツで白、黒の2色の物もあれば、何十色の物もございます。

出来るだけ前者の方法で運用される事をお勧めします。

規格分類の種類（例えばカラー）が増えれば増えるほどデータベースに負荷がかかっていくデータ構造となっております。
1つの規格分類（カラー）に100種類の色を登録して規格有り商品を登録すると
商品規格データは100件登録されます。（カラーの利用有無に関係無く）
また商品規格編集画面の入力項目も100件分表示され、画面の描画やデータの送受信にも影響が出てきます。

更にサイズのような2つ目の規格と組み合わせた商品を登録されると
組み合わせの総数分のデータが作られますので一気に負荷が増していきます。

例）
カラー100種類
サイズ 6種類
の商品規格を登録する場合は、100×6 = 600件のデータを取り扱う事になります。

ECCUBE4はフロント用と管理用で規格の名称を管理できると思いますので
同じカラーでも「カラー（Aブランド用）」「カラー（Bブランド用）」のように
細かく分けて運用できるようになっております。

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株式会社シロハチ
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ご回答ありがとうございます。

細かく運用してみます。