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[EC-CUBE] EC-CUBE4
[現象]

EC-CUBE4.0.5 から EC-CUBE4.0.6-p1 にアップデートプラグインを使ってアップデートしたところ、
デバッグモードに戻したら下記のエラーが表示されました。

一度デバッグモードを外して、管理画面からキャッシュを削除しましたが改善されませんでした。
エラーメッセージで検索しましたが何も出てこなかったので、分かる方いらっしゃいましたら
お力を貸していただけますと助かります。

どうぞよろしくお願いいたします。


(1/1) UndefinedFunctionException
Attempted to call function "trigger_deprecation" from namespace "Symfony\Bundle\MakerBundle\Maker".

in MakeFunctionalTest.php line 26
at include()
in DebugClassLoader.php line 155
at DebugClassLoader->loadClass('Symfony\\Bundle\\MakerBundle\\Maker\\MakeFunctionalTest')
at spl_autoload_call('Symfony\\Bundle\\MakerBundle\\Maker\\MakeFunctionalTest')
at is_subclass_of('Symfony\\Bundle\\MakerBundle\\Maker\\MakeFunctionalTest', 'Doctrine\\Common\\EventSubscriber')
in AutoConfigurationTagPass.php line 45
at AutoConfigurationTagPass->configureDoctrineEventSubscriberTag(object(Definition))
in AutoConfigurationTagPass.php line 37
at AutoConfigurationTagPass->process(object(ContainerBuilder))
in Compiler.php line 140
at Compiler->compile(object(ContainerBuilder))
in ContainerBuilder.php line 789
at ContainerBuilder->compile()
in Kernel.php line 643
at Kernel->initializeContainer()
in Kernel.php line 135
at Kernel->boot()
in Kernel.php line 110
at Kernel->boot()
in Kernel.php line 195
at Kernel->handle(object(Request))
in index.php line 76

こちらでは、カスタマイズ有（/app/Customize以下で、本体はさわらず）の状態で、EC-CUBE4.0.5 から EC-CUBE4.0.6-p1 にアップデートプラグインを使ってアップデートした所（モードはprod）、アップデート途中に画面がホワイトアウトしてしまいました。

原因を探ってみましたが、/app/proxy/entity/src/Eccube/Entity 以下に生成したファイルがすべて削除されていました。

バックアップ環境から生成ファイルを再配置して、ホワイトアウトした画面からリロードした所、アップデートが最後まで完了しました。

念のため、更新内容を確認しましたが、反映はされているようでした。
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/compare/4.0.6...4.0.6-p1?w=1#files_bucket

確認のため、モードをdevで行ったところ、エラー画面（メッセージは失念）で止まり、同様に/app/proxy/entity/src/Eccube/Entity 以下に生成したファイルがすべて削除されており、再配置しましたが、こちらは同様のエラー画面が表示され先に進みませんでした。

この方法でのアップデートに問題がないかという点と、本プラグインの問題なのか確認できればと思います。

追記です。
開発環境（.env=dev）で、アップデートを実行すると、coro様と同じエラーメッセージが表示されました。

UndefinedFunctionException

Attempted to call function "trigger_deprecation" from namespace "Symfony\Bundle\MakerBundle\Maker".

先に挙げた通り、/app/proxy/entity/src/Eccube/Entity 以下に生成されていたファイルが削除されており、再配置しても同様のエラーが表示されます。

ここで、本番環境（.env=prod）に変更した所、エラーは表示されず管理画面が表示されます。

アップデート処理中であれば、ホワイトアウトした直後からの画面が表示されます。（こちらで確認した際は、データベースの更新確認画面が表示）

すみません。レスがないので、あえてお聞きします。
カスタマイズが入っている場合、アップデートについては手動で行う事が基本という事でしょうか？