お世話になります。
現在、EC-CUBEの2.13.5を使用しており、今回2.17系へのバージョンアップを行おうと思っています。

https://qiita.com/nanasess/items/ff9bbde34f7d44240c06
のサイトを参考に作業を行っていたのですが、以下の点がよくわかりません

わかる方教えていただけないでしょうか

[行った作業]
現在のec-cubeのフォルダは別名にして保存

新規に、
/var/wwwに
ec-cubeのフォルダを作成

サイトの「導入バージョンの EC-CUBE をクローン」
の処理を行いました

結果、/var/www/ec-cube内に、ec-cubeのファイル（dataやhtml）がありますが、同時に/var/www/ec-cube/ec-cube2にも同じdataやhtmlがあります
この場合、現在のファイルを上書きするのはec-cube/ec-cube2のどちらなのでしょうか
また、ファイルの内容を修正し、最終的に使用されるのは、ec-cubeフォルダ直下のファイルになるのでしょうか

上記サイトで、コマンドを実行する際の起点となるフォルダなどの記載がなく、困っています
お力をお貸しください

記事書いた人です

引用：

例えば、以下にコピーしたとします
/var/www/ec-cube → /var/www/ec-cube.bak

引用：

以下のようになっている状況でしょうか？
/var/www/ec-cube ← 2.13.5 の EC-CUBE
/var/www/ec-cube/ec-cube2 ← 2.17.x の EC-CUBE

上記は手順が少々間違ってそうです。
記事の手順は、サーバー上にある 2.13.5 の EC-CUBE から、ローカルPCにある 2.17.x のEC-CUBEにデータをコピーして作業する方法です。
サーバー上で作業する場合は、以下のようにしていただくのが良いかと思われます。

前提: /var/www/ec-cube に 2.13.5 の EC-CUBE が設置されているとします

1. 2.13.5 の EC-CUBE を別名で退避


2. 2.13.5 の EC-CUBE をクローン


3. 1 の EC-CUBE を 2 に上書き


上記で、 /var/www/ec-cube で、デフォルト状態の 2.13.5 とカスタマイズされた 2.13.5 の差分が比較できるようになりますので、以下、著作権表示等を置換の手順に進んでいただければ良いと思います。

https://qiita.com/nanasess/items/ff9bbde34f7d44240c06#%E8%91%97%E4%BD%9C%E6%A8%A9%E8%A1%A8%E7%A4%BA%E7%AD%89%E3%82%92%E7%BD%AE%E6%8F%9B

ご丁寧にコマンドまでありがとうございます

仰る通り、下記のようになっておりました
>以下のようになっている状況でしょうか？
>/var/www/ec-cube ← 2.13.5 の EC-CUBE
>/var/www/ec-cube/ec-cube2 ← 2.17.x の EC-CUBE

手順を示していただいた、3まで実行しましたので、サイトを見ながら改修を行いたいと思います

また、わからないことがあれば、お力添えいたけると幸いです