お世話になります。

▼テンプレート
[EC-CUBE] EC-CUBE 4.2.0
[レンタルサーバ] さくらインターネット レンタルサーバ
[OS] FreeBSD 13.0-RELEASE
[PHP] 7.4.33
[データベース] MySQL 5.7.40
[WEBサーバ] Apache/2.4.54
[ブラウザ] Google Chrome 116.0
[導入プラグインの有無] 有。メールマガジンプラグイン、商品レビュー管理プラグイン
[カスタマイズの有無] Webサイト制作会社様による独自テンプレート
[現象]
各ページにおいて、選択肢のラジオボタンやチェックボックスが表示されません。
実際のURLをお出しして申し訳ございませんが、
・会員登録ページ下部のメールマガジン送付の有無の選択肢
https://zu-tto-petfood.com/entry
・レビュープラグインにおける性別、おすすめレベルのラジオボタン
https://zu-tto-petfood.com/product_review/20/review

いずれも選択肢となる文字の上をクリックすることで選択したことになりますので、css等に起因する問題かとも思ったのですが、どうにも原因がわからず困っております。
ご教授いただけましたら幸いです。よろしくお願いいたします。

> [カスタマイズの有無] Webサイト制作会社様による独自テンプレート

Webサイト制作会社にて独自テンプレートを作成している様なので、制作会社さまにご相談されてみては如何でしょうか？

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EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
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お世話になります。
以下、検証ツールで急ぎ確認できた範囲で回答いたします。

前提として、CSSに起因するということは間違いなさそうです。
以下、検証ツールで確認した内容です。

/* nomalize.css:368行目 */
[type="checkbox"], [type="radio"] {
box-sizing: border-box;
padding: 0;
}

paddingが0になっておりますが
これによってチェックボックスやラジオボタン自体の表示領域が0px（見えない状況）となっているようです。

normalize.cssやreset.cssなど、複数のリセットCSSを使用されているようなので
お互いに干渉しあっているのかもしれません。