お世話になります。

[EC-CUBE] 4.0.6
[PHP] 7.3.17
[導入プラグインの有無] 有
[カスタマイズの有無] 有

既出かもしれないのですが、EC-CUBE本体のサポート期限を探してみたのですが見つかりません。どちらにあるのか教えていただけないでしょうか。

明記はされていなかったような。。
本体に機能追加することを指しているなら、既に終了しています。
本体の脆弱性対策のことを指しているなら、今のところも継続してサポートされていると思われます。
ただ、フレームワークやPHPなどは古くなっているので、こちらのほうも気にされる必要があるかと思います。
https://qiita.com/nanasess/items/dc8407c48a3dcf982ea2#:~:text=EC%2DCUBE%204%E7%B3%BB%E3%80%814.1%E7%B3%BB,-2018%E5%B9%B410&text=Symfony%203.4%20%E3%81%AE%E3%82%B5%E3%83%9D%E3%83%BC%E3%83%88%E6%9C%9F%E9%96%93,PHP8%E3%81%AB%E3%81%AF%E6%9C%AA%E5%AF%BE%E5%BF%9C%E3%80%82

----------------
EC-CUBE 《プラチナ》ランクパートナー
トエビス株式会社　田中 宏典
EC-CUBEの機能やデザインのカスタマイズ承ります。

フレームワークやPHPは EOL を迎えているものの、EC-CUBE4.0本体に関してはセキュリティサポートは継続しています。
今のところ終了期限は発表されていません。
脆弱性が見つかった場合はセキュリティパッチがリリースされます。