管理画面で、商品登録や新規ページ作成で、タグを入力した時に「"」が「\(円マーク)"」に変換されて更新されます。

環境は、
サーバ:coreserver
データベース:postgres8.2.4
で、

テンプレート追加をしようとしたら、エラーが発生し追加できなくて、SAFE MODEがonになっているせいだと、ネットに書いていましたので、CGI版のphpであれば、回避できるとあったので、
.htaccessに
AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
の一行を追加してから、この現象が起きているようなのです。

何か対応策はあるのでしょうか？

EC CUBEでブロックやシステム変更で￥円マークが出る問題の解決方法↓
http://memo.seobinder.net/cms/ec-cube%e3%81%a7%e3%83%96%e3%83%ad%e3%83%83%e3%82%af%e3%82%84%e3%82%b7%e3%82%b9%e3%83%86%e3%83%a0%e5%a4%89%e6%9b%b4%e3%81%a7%ef%bf%a5%e5%86%86%e3%83%9e%e3%83%bc%e3%82%af%e3%81%8c%e5%87%ba%e3%82%8b.html

EC CUBE＋円マークなんかでググると出てきますよ。
.htaccessだけじゃなくてphp.iniも配置しないとダメみたいです。