スタイルシートを変更しようとしたところ同名のスタイルシートが二つあることがわかりました。

違いとどちらを修正するべきか教えていただけないでしょうか？
./user_data/packages/default/css/main.css
./data/Smarty/templates/default/_packages/css/main.css

前者だと思います。

後者は、テンプレート関連のゴミ (EC-CUBE の消し忘れっぽい) だったと思います。

----------------
Seasoft
こちらでの投稿は、アイディア程度に留めさせていただいております。
個別案件の作業は有償で承っております。お気軽にご相談ください。

ご回答ありがとうございました。
まさかそういうこともあるのですね。