クレジット決済をイプシロンにて契約して、1つ導入したのですが、これを複数導入することは可能でしょうか？

商品によって、送料の設定を変更して、決済表示を分けたいと思っています。

ご教授頂ければと思います。

基本論的には大丈夫なのですが、一部決済モジュールの組み合わせにおいては、いくつか問題が生じる場合があるようです。（管理画面などを大幅に変える決済モジュールなど）
当方でも特定の決済モジュールの組み合わせにおいて微少ですが問題が生じたことがあります（主に管理画面）。

相性のようなものなので、具体的な対象に対してモジュールを入れ、テスト環境に接続し、十分なテストを行って導入するのが望ましいと思います。

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直接ではありませんが関連する項目として、
私が行ったイプシロン決済（単一ですが）の変更について
書いておきます。

特定条件での送料設定を
/data/class_extends/helper_extends/SC_Helper_DB_Ex.php
で行いましたが、
イプシロンのカード情報入力への送信時には
反映されていない（デフォルトの送料）という状況でした。

ダウンロードされたイプシロン決済モジュールのクレジット処理
/data/downloads/module/mdl_epsilon/LC_Page_Mdl_Epsilon_Credit.php
では、

function LC_Page_Mdl_Epsilon_Credit()
（25行目）で
$this->objHelperDB = new SC_Helper_DB();
となっていたので、
$this->objHelperDB = new SC_Helper_DB_Ex();
へ変更して反映されました。

カスタマイズやアップデート時等に注意すべき点として
記しておきます。