EC-CUBEバージョン 2.4.4
PHPバージョン PHP 4.4.4
DBバージョン MySQL 5.0.82-community

現在大きく4つにカテゴリが分かれているサイトをもっています。

JQUERYはcolorboxをいれているのですが、動画や商品詳細の画像をポップアップするようにしてます。

あたらしくヘッダー画像にスライドするものをいれました。slider　というものだったと思います。

IE以外は特に問題ないのですが、
IEだけページを表示をするとかなり高い確率80％くらいでスライドするために隠れている画像が縦に出てから通常表示になります。

ECCUBEにJQUERYの数の上限はないと思いますが、
同じような症状にあわれた方おられますか？

ご教授お願い致します。

JQUERYのことは、JQUERYのコミュニティなどで聞くべきかと思われます。

またcolorbox、sliderなどと言っても、同名のJQUERYはありますので質問する場合は、ダウンロードしてきたサイトリンクなどもつけなければ、よくわかりません。

ECCUBEにJQUERYの数の上限はないですが、
個人が作成してるJQUERYには、色々な制限やバグがあります。
JQUERY自体をいじくりカスタマイズするスキルがないのであれば、動作するJQUERYを探してくることでことです。