今更返答です。

最終的に送料を決定しているのは

html/shopping/confirm.php

ですが、そこでプログラムでカート内の商品を判断し、キャンペーン以外の商品が入っていたら送料を無料にしない処理を書かないといけないと思います。
（「キャンペーンからの遷移で送料が無料だった場合の処理」とコメントがある部分）

Ver 1.4 のキャンペーンは細かいところで色々問題があるので（キャンペーンで検索すれば色々出ます）、プログラムを変更する自信がないなら、当機能を使うことはオススメできないですね。

だいぶ前の投稿ですので、当方も同じ問題にぶつかっているため、改めて質問させていただきます。
配送料を地域ごとに設定しているため、個別送料無料設定が難しそうなので、キャンペーン機能を使おうと思いましたが、キャンペーンに設定していない商品でもキャンペーンページに一度入った後は、送料無料にすべてなってしまいます。

どなたかこの問題にご対応されている方がいらっしゃいましたら教えてください。

よろしくお願いします。

お世話になります。

キャンペーン機能でカート使用と送料無料の設定を行い、
動作確認を行いました。キャンペーン商品と一般の送料有料商品
をカートに入れて確認画面に進むと送料は無料になりますが、
両方入れた後にキャンペーン商品を削除した場合でも送料が
無料になってしまいます。ご対応のほどよろしくお願いします。