自己解決できました。
下記のファイルを編集することで対応できました。
/src/Eccube/Resource/template/admin/Mail/order.twig

ありがとうございました。

管理画面から送るメールの動的に差し込まれるする部分（注文内容）の変更方法についてご教示をお願いいたします。

メールテンプレートを追加し、DBから追加したテンプレートのファイル名を変更することで、テンプレート自体の追加はできました。

しかし、管理画面からメールを送るとデフォルトの注文メールの動的に差し込まれる部分が入ってしまいます。

これを修正する方法についてご存知の方がおりましたらご教示の程をお願いいたします。