>URLから/htmlをとる作業も行なっています。
とありますが、index.php等を/eccube/html/から/eccube/へ移動させたという事でしょうか？

RewriteBase /eccube/html
が問題なのではないかと思いますが、
mod_rewriteのデバッグは難しいので、
もし、ドキュメントルートの指定が変更できるのであれば、
htaccessをデフォルトの状態に戻して、
/eccube/html/をルートに設定したほうが安定して動作するように思います。

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株式会社シロハチ
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▼テンプレート
[EC-CUBE] 3.0.13
[レンタルサーバ] さくらインターネット
[OS] MACOS10.12.6
[PHP] 5.5
[データベース]
[WEBサーバ]
[ブラウザ] クローム

[現象] サクラインターネットをのレンタルサーバにECCUBE3.0.13をインストールしています。ルートに独自ドメインを設定したところ、トップページ以外のページに500エラーが表示されてしまいます・・・。

www > eccube（ここをルートにしています）

以下のWORDPRESSの方と全く同じ状況なので、
ルート直下のhtaccessが原因ではないかと思うのですが、、、


http://www.richaranclub.com/blog20130226/



ルート直下のhtaccessの内容は現在以下の通りです。
URLから/htmlをとる作業も行なっています。

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SetEnvIf REDIRECT_HTTPS (.+) HTTPS=$1

order deny,allow
allow from all
<IfModule mod_rewrite.c>
RewriteEngine On
RewriteBase /eccube/html

# Authorization ヘッダが取得できない環境への対応
RewriteCond %{HTTP:Authorization} ^(.*)
RewriteRule ^(.*) - [E=HTTP_AUTHORIZATION:%1]

RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-d
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !-f
RewriteCond %{REQUEST_FILENAME} !^(.*)\.(gif|png|jpe?g|css|ico|js|svg)$ [NC]
RewriteRule ^(.*)$ index.php [QSA,L]
</IfModule>
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なにとぞよろしくお願いします。