tsuji様
ご指摘ありがとうございます。「エラーを起こしている箇所を特定して、その部分をコメントアウト」というのが特定以前にどこのどのファイルがテンプレート書き換えにからんでるファイルかもわかりません。
「LC_Page_Admin_Home.php」かログイン後の画面ではないかと思うのですが、他にもいろいろあり特定に難儀しています。
もう少し詳しく解説していただけないでしょうか。
よろしくお願いいたします。

追記
いろいろとエラーログを確認して該当するファイルを一つずつ探していったところ「home.tpl」が消えてしまっていました。
そのせいでログイン画面にならなかったようです。
とりあえずログインできたので修復できるようになりました。
ありがとうございました。

kawap 様

テンプレートの書き換えに失敗しているように見えますので
エラーを起こしている箇所を特定して、その部分をコメントアウトするほうが無難かと思います。

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株式会社システムフレンド
辻 拓也(takuya tsuji)
改造専門店・EC-CUBE工房
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▼テンプレート
[EC-CUBE] 2.13.5
[レンタルサーバ] バリューサーバー
[OS] windows7
[PHP] PHP5
[データベース] PostageSQL
[WEBサーバ]
[ブラウザ] chrome
[導入プラグインの有無] 9つ有　内7つが有効
[カスタマイズの有無] 有　デザインテンプレートを適用
[現象]
管理画面のマスター管理から数個の値をいじってから適用後に「テンプレートの操作に失敗しました。#navi-design-add-1 が存在しません」と出て管理画面に入れなくなりました。(いじった箇所は数ヶ所だと思いますが、詳細にどこと覚えていません)
いろいろ検索してプラグインを無効にすることで対処できそうだとわかりphpPgadminにてdtb_pluginの中のenableの数値を見ることまではできたのですが、数値を変更することができません。
どのようにすれば編集することができるでしょうか。管理画面に入れればマスターデータを一つ一つ確認しながらいじった箇所を戻せると考えています。
よろしくお願いいたします。