この現象に遭遇した事が無いのでわかりませんが、MySQLが5.6系と5.7系という事で何か関係があるかもしれません。
挙動を見ると、おそらく決済のキャンセル時に走る在庫を戻す処理がなんらかの理由で実行されてしまい、在庫を増やしてしまっているものと思われます。
おそらく、実際の環境でコードを確認しながら調査しないと詳しい解決方法はわからないと思います。
同じ現象を解決済みの方がいれば良いんですが...

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[EC-CUBE] 2.13.5
[レンタルサーバ] お名前共用サーバー SD-12
[OS] SunOS cgi04.sd218 5.10 Generic_150401-15 i86pc
[PHP] 5.6.32
[データベース] MySQL 5.6.14-log
[WEBサーバ] Apache
[ブラウザ] Chrome/69.0.3497.100

初めて質問させていただきます。

現在、ECCUBE2系にてペイパル ウェブペイメント プラス 決済モジュール(2.11系・2.12系・2.13系)を使用しているのですが、
商品購入時、お支払方法にPayPal決済を利用して商品購入を行う際、
入力内容のご確認ページからペイパル決済画面に移動する際に
本来なら購入分在庫数が減るべきところ、在庫数が増えるという現象に悩まされています。
増えた在庫数は決済を行わずキャンセルしても元に戻りません。

現サーバーに移行する以前、さくらのレンタルサーバー（PHP 5.6.38、MySQL 5.7.21-log）で構築を行っていたのですが、
こちらの環境では前述のような挙動は起こらず、
ペイパル決済画面に推移→購入分在庫数が減少
決済を行わず途中キャンセル→在庫数が元に戻る、となります。

その為、サーバーが原因なのではと疑っているのですが、明確な原因が掴めず困っています。
同様の現象が発生した方、心当たりのある方いらっしゃいましたらお力添えいただきたく存じます。

何卒宜しくお願い致します。