ご返信ありがとうございました！
サーバーのログにpaypalのログがありまして、確認しましたところ原因が特定できました。
（paypal側で返金処理をしていたことが原因でした。）

大変助かりました。

その受注のupdate_dateを確認して、その時間のログと照らし合わせて原因を探っていく感じですかね。

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http://ec-lab.net/

[EC-CUBE] 2.13.5
[レンタルサーバ] wadax Type Sプラン
[OS] CentOS 6
[PHP] 5.3.3
[データベース] PostgreSQL 8.4.20
[WEBサーバ] Apache
[ブラウザ] GoogleChrome69.0.3497.100
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ペイパル ウェブペイメント プラス 決済モジュール(2.11系・2.12系・2.13系)
を利用しております。

paypal決済を選択し、クレジットカード払いを行う。
その後、管理画面からステータスを「発送完了」にすると、
後日（翌日以降？）に、該当の注文が「キャンセル」になっている現象があります。

再現条件は不明ですが、
DBを見ると、dtb_orderの「memo03」がマイナスになっていることが原因かと考えております。


どなたか解決方法をご存知でしたらご教示いただけますでしょうか。
恐れ入りますがよろしくお願いいたします。