EC-CUBEでは注文情報を注文が完了する前に作成します。
その注文情報を作成した時点で、一番上の支払い情報がセットされてデータができるようです。
そのため、支払い情報が選択済みなのは、データベースの情報をそのまま表示しているためのようです。

ShoppingService.phpの214行目あたりをなおせば、
初期選択状態がなしになるかもしれません。

if (count($payments) > 0) {
$payment = $payments[0];
// ここで設定しているデータが表示されているよう
$Order->setPayment($payment);
$Order->setPaymentMethod($payment->getMethod());
$Order->setCharge($payment->getCharge());
} else {
$Order->setCharge(0);
}

EC-CUBE　3.0.15

注文内容確認画面の支払方法でデフォルトでは管理画面の支払方法設定で一番上の支払方法にチェックが入るようになっていますが

チェックが入らないように変更したいと思います。

<input type="radio" id="shopping_payment_6" name="shopping[payment]" required="required" class="payment" value="6" checked="checked">

このchecked="checked"を削除すればできると思うのですが記述されている箇所が分かりません。

どなたかご存知の方がいらっしゃったら教えていただければと思います。
よろしくお願いいたします。