>kazumiさん
ご返答ありがとうございます。
ヤマトに質問したところ以下の答えが返ってきました。

弊社の環境で再現致しましたところ、
お問い合わせいただいたご内容と同様の挙動となりました。
こちらはEC-CUBE本体の仕様となります。
管理画面からの受注登録、ならびに代金引き換えの決済手段は弊社モジュールではなく、
EC-CUBE本体の仕様となるため、弊社側での回答ができかねるご状態です。

EC-CUBE本体の仕様との事です^^;

@ st100さん

ヤマトの決済プラグインについてですが、受注管理に表示されないのは仕様だったかもしれません。

ヤマトとご契約されていると思いますので、プラグインの仕様についてヤマトに確認してみてはいかがでしょうか？

バージョンは3.0.16です。

代金の支払い方法として購入画面で以下を選択できるようにしています。

・クロネコ代金後払い決済
・クレジットカード決済
・代金引換

購入フローで問題はないのですが、管理画面の受注管理で支払い方法の選択箇所に以下のような不具合があります。

■管理画面で受注を追加する場合

電話注文などの場合は管理者が管理画面から受注登録します。
支払い方法の箇所が、代金引換の項目しか表示されずクロネコ代金後払い決済が選択できません。

■WEB上で購入された方の決済方法を変更する場合

1：代金引換で購入された方の場合
上記と同様に代金引換の項目しか表示されずクロネコ代金後払い決済が選択できません。

2：クロネコ代金後払い決済で購入された方の場合
支払い方法は「クロネコ代金後払い決済」が選択されており、以下の項目に変更する事ができます。
・クロネコ代金後払い決済
・クレジットカード決済
・代金引換

新規で受注登録をする際にも、クロネコ代金後払い決済を選択できるようにしたいのですがどのようにすればいいのでしょうか？

設定ミスなのかと思い、管理画面を確認してみましたが解決に至りませんでした。
おわかりになる方がおられましたら宜しくお願い致します。