少し時間が経っていますので、解決していましたら無視していただいて大丈夫です。

私も同様のケースでした。
ただ、実行されていたPHPのばーじょんについては5.4.16だったように思います。

それで下記のページを参考にしてbin/console eccube:generate:proxiesが実行できるようになりました。

https://pgmemo.tokyo/data/archives/1350.html

参考までに。

お答えいただきありがとうございます！
コマンドの実行自体は可能になったようです。
本題とは変わってしまうのですが、
「PHP Parse error: syntax error, unexpected 'class' (T_CLASS), expecting identifier (T_STRING) or variable (T_VARIABLE) or '{' or '$' in /home/bin/console on line 15」
というエラーを返されてしまい、consoleの15行目
-------------------------------------------
if (!class_exists(Application::class)) {
throw new \RuntimeException('You need to add "symfony/framework-bundle" as a Composer dependency.');
}
-------------------------------------------
の部分に問題があるということだと思うのですが、変更を加えていないファイルですので、そもそも何か足りていないということでしょうか？

無知で申し訳ございませんが、お答えいただけると幸いです。

[補足]
該当ファイルにて php -v を行ったところ、phpのverはv7.0.5でした。
phpのverの影響でしょうか？

bin/consoleに実行権限がないためですので
インストールしたディレクトリで下記コマンドを実行すれば問題ないかと思います。
引用：

----
あるいは実行権限を与えなくても
php bin/console eccube:generate:proxies でも実行できるのではないかと思います。

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▼テンプレート
[EC-CUBE] EC-CUBE4.0.3
[レンタルサーバ] Xserver
[OS] MacOS Mojave
[PHP] php7.2.17
[データベース] MySQL
[WEBサーバ] Xserver
[導入プラグインの有無] 無
[カスタマイズの有無] 有
[現象]
bin/console eccube:generate:proxies が実行できません。
xserver上のeccubeをインストールしているディレクトリにsshで接続し、
「bin/console eccube:generate:proxies」を命令しても
「-bash: bin/console: 許可がありません」と表示され、実行されません。

解決策などご教授いただけると幸いです。

[補足]
/bin のパーミッションは「705」、/bin/console のパーミッションは「604」でした。
サブディレクトリを作成し、eccube4.0.3をインストールしております。