ありがとうございます。
該当箇所をコメントアウトしたところ、管理画面上での親カテゴリーのチェックもはずれ、商品詳細ページでの『関連カテゴリ』にも親カテゴリが表示されなくなりました。

しかし、親カテゴリ内の商品一覧には依然子カテゴリの商品が並びます。
こちらを表示しないようにしたいのですが、その方法をおしえていただきたく思います。

重ね重ね、よろしくお願いいたします。

親カテゴリを登録する処理は
/src/Eccube/Controller/Admin/Product/ProductController.php 500～509行目辺りに記述されているかと思います。
この部分をコメントアウト等で無効化すれば登録されなくなるのではないでしょうか？

ただ、親カテゴリへの登録を除外した場合、
親カテゴリ一覧ページに商品が表示されなくなるのではないかと思います。
（検索時に子カテゴリを探しにいく処理が負荷がかかる為、3系の途中でこのような仕様に変わったのではないかと思います。ハッキリとしたバージョンは覚えていませんが...）

----------------
株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog

[EC-CUBE] 4.0.3
[レンタルサーバ] CPI
[OS] win10　CentOs7
[PHP] 7.1
[データベース] MySQL5.6

EC-CUBE4では商品の登録時に、子カテゴリーを選択すると親カテゴリーにも同時に登録される仕様になっているようですが、商品のラインナップ分けが煩雑になってしまうので、子カテゴリーのみの登録・表示を実現する方法を教えていただきたいです。

よろしくお願いします。