ご質問いただいている件と関係あるか分かりませんが
最近、弊社で保守しているサイトで決済が正常に処理されないという現象が報告されています。
（ECCUBE3系でベリトランス決済サービスを利用）
まだ調査段階の為、原因の特定はできておりませんが
特定のブラウザ（user-agentよりAndroid端末のsamsungブラウザと思われます）を利用した時のみ、
クレジットカード決済を入力した後のクレジット決済処理中に
並行して（バックエンドでの通信？）
カートの中→レジに進むの通信が発生し新しい注文データがセッションに格納されている状態となっているようです。
（決済が完了した注文と購入処理中の注文データの2件が存在する状態になる）

投稿いただいた内容と弊社で調査中の事例は状況が異なると思いますが
1つの注文データの決済中に他の注文データの処理が割り込んでいるという事でしたので
もしかしたらと思い投稿しました。

因みにまだ有効な解決方法は見つけられておりません。

ECCUBEのログ（フロント）にユーザーがアクセスしたページ等の情報は残っているかと思いますので
問題の起きた日時辺りを確認されてみては如何でしょうか？

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株式会社シロハチ
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■blog

▼テンプレート
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[EC-CUBE] 3.0.16
[レンタルサーバ] さくらレンタルサーバ ビジネスプロ
[OS] FreeBSD 9.1-RELEASE-p24 amd64
[PHP] PHP 7.2.31
[データベース] MySQL 5.7
[WEBサーバ] Apache/2.4.43
[導入プラグインの有無] GmoEpsilon 1.2.1
お問い合わせ管理
受注対応状況一括更新 for EC-CUBE3
売上集計プラグイン
配送伝票番号csv一括登録
FAQ管理プラグイン
ソーシャルボタンOGP
他
[カスタマイズの有無] 購入確認画面の「お問い合わせ」欄を非表示にしている
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[現象]

決済プラグイン「イプシロン」を導入しているECサイトで、
ステータスが「購入処理中」なのにイプシロン側で「課金済み」になっていました。
受注されていないのに引き落としが発生していることになります。
過去にも「決済処理中」で引き落とされているケースがありました。
そのときは、サイトにアクセスが集中してつながりにくくなったことがあったので、
それが原因ではないかと判断したのですが、今回は、そのようなことはありませんでした。

GmoEpsilonのログです（月日および機密情報は略）
[2020-xx-xx 09:57:33] gmoepsilon.INFO: pay process start. order_id = 1336 [] []
[2020-xx-xx 09:58:56] gmoepsilon.INFO: BadResponseException.（中略）[order_number] => 1335（以下略）
[2020-xx-xx 09:58:56] gmoepsilon.INFO: pay process start. order_id = 1335 [] []
[2020-xx-xx 09:59:53] gmoepsilon.INFO: back. order_id = 1336 new_order_id = 1337 [] []
現象が発生したのは、 order_id = 1336 のデータです。
order_id = 1335の処理が割り込んでいるようです。

他のログを見ても原因不明でした。
管理画面からステータス更新した形跡もありませんでした。
購入処理をしたお客様の動作環境、操作、発生したエラーの内容は未確認です。

原因および対策方法をご存じの方がいらっしゃれば、
ご教授いただけると幸いです。

また、別の決済プラグイン導入も検討しています。
イプシロンから乗り換え可能なもの
支払い方法ななるべく多いもの
でお勧めがありましたら、ご教授願います。

以上、よろしくお願いいたします。