>現行eccube2とeccube4のディレクトリの対照表がどこかにありますでしょうか？
お互いのファイル構造を比較した表はないと思います。
eccube4はsymfonyに基づいた構造となっている為、eccube2とはソースの配置等はかなり変わっているかと思います。
（データを表すEntityやフォーム部品を定義するFormTypeはeccube2と比べると新しくファイルがあります）

>また、別観点での質問ですがtwig変換して差し替えるだけで、機能しますか？
基本動かないと思います。
twig変換がどのようなものでどこまで出来るものか想像がつかないのですが
例えば、eccube2ではテンプレートファイルに直接記述されているinputタグ等は
eccube4では全てform関数を通す形になっており、自動変換のようなものでは対応できないと思います。

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株式会社シロハチ
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▼テンプレート
[EC-CUBE] EC-CUBEのバージョン:4.0.3、新規インストール
[レンタルサーバ] クラウド環境サーバ
[OS] 使用しているOS名:CentOS7.8
[PHP] 使用しているPHP:7.4
[データベース] 使用しているDB名:MySQL5.7
[WEBサーバ] 使用しているWEBサーバ名:Httpd2.4.6
[ブラウザ] 使用しているブラウザ名:Chrome
[導入プラグインの有無] あれば導入プラグイン:無
[カスタマイズの有無] あればカスタマイズ内容を記載:無
[現象] 現行eccube2とeccube4のディレクトリの対照表がどこかにありますでしょうか？

tplファイルをtwigに変換を予定しておりますが、ディレクトリ階層やディレクトリ名がeccube4から変更されており、既存tplファイルの移行に困っております。

また、別観点での質問ですがtwig変換して差し替えるだけで、機能しますか？

以上２点、ご教示のほどよろしくお願いします。