導入されているプラグインや、カスタマイズされている場合その影響などが原因として考えらえると思いますが、エラーログ確認頂くことで、より具体的な不具合原因の特定とその改善案の検討に繋がるかなと思います。

商品数が多いとページングされ、さらにそのページ数が多いと「最後へ」というリンクが追加されるようですが、

特定のカテゴリのみ「最後へ」をクリックすると「システムエラーが発生しました。」と表示されます。

リンクを調べてみると存在しないページがIDが割り当てられるのですが、この状態を改善する方法はございますでしょうか？