早速のご回答ありがとうございます。
ご指摘のファイル「mail.yml」を確認したところ下記のようになっており、おそらくファイルをいじったことはないかと思います。

mail:
transport: mail
host:
port:
username:
password:
encryption: null
auth_mode: null
charset_iso_2022_jp: false
use_spool: true


管理画面での送信元メールアドレスはECサイトのドメインメール（エックスサーバー）を使用していますが
参考ページのようにmail.ymlをgmailサーバー設定すれば解決できるという解釈でよろしいでしょうか。

3系の場合、/app/config/eccube/mail.ymlでECCUBEのメール送信の挙動を設定できますが
現状、どのようになっておりますか？
transport: mail
になっている場合、ECCUBEが稼働しているWEBサーバから直接メールが送信される為、
なりすましメールと判定される可能性が高いと思います。
（エックスサーバはメールサーバは別サーバで提供されていたと思います）

管理画面の店舗設定の送信元メールアドレスにgmailを設定されているのであれば
smtpでgmailサーバと通信する設定を行う必要があるかと思います。

以下のページが参考になるかと思います。
https://amidaike.hatenablog.com/entry/2015/09/15/143515
http://dbinfo.sakura.ne.jp/?contents_id=481

gmailを利用するにあたり、最初にメーラーにアカウントを設定されたと思うのですが
それと同じことをECCUBEにも設定するというイメージになります。

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株式会社シロハチ
■ECCUBE2系、3系構築カスタマイズご相談ください。
■EC-CUBE3マニュアル
■blog

[EC-CUBE]3.0.17
[レンタルサーバ]エックスサーバー
[データベース] MySQL5.7

[現象]
受注の際に送られてくるメールアドレスをGoogle workspaceを介してGmailで運用しております。
エックスサーバー側の各レコードは正しく設定済みで（エックスサーバー担当に確認済み）
通常のメール運用には問題ないのですが、EC-CUBEから送られてくるはずのメールのみが届かないという現象が起きています。
（メーラーを使っての該当メールアドレスへの直接の送受信は問題ありません。）

EC-CUBE側で別のサーバーや仕組みを介してメールを送信しているのではないかと思われるのですが、この件で解決方法を詳しくお分かりの方がいらっしゃいましたら、お力添えいただければ幸いです。

何卒宜しくお願い致します。