本件解決いたしました。

一度、4.0.5→4.0.6のバージョンアッププラグインでのアップデートを試みましたがエラーが発生したため、バックアップから復元しました。

そこでバージョンアッププラグインが有効化の状態のまま、コマンドを実行していた為｢ECCUBEアップデートプラグイン1.0.2はECCUBE4.0.6-p1には対応していません。実行を続けますか？」の警告が出たものと思われます。

【対処方法】
さくらインターネットの管理画面から、データベース(phpmyadmin)へログインして、dtb_pluginの中の「EccubeUpdate405to406」を削除して管理画面の表示が無くなっていることを確認。

もう一度コマンドで
php bin/console eccube:composer:require-already-installed
以上を実行した結果、完了できました。

＊その際に一部プラグインのエラーが生じ管理画面が表示されなくなりましたが、詳しい方にアドバイスを頂きながらプラグインの中身(app/Plagin/エラーの出ているプラグイン)を確認していると一部のファイルがすっぽり抜けている事に気づきました…

バックアップデータから抜けているファイルをアップロードした結果、無事管理画面が表示されました。


今後のバージョンアップに不安が残りますが、今回は何とか行う事が出来ました。
コマンドの実行方法や、参考になるサイトを教えてくださいました皆様、ありがとうございました。

yuh様、shinra様

アドバイスを頂きましてありがとうございます。

SSH接続のための「Tera Term」をインストールしまして、サーバーにアクセスする事が出来ました。
そこで、ディレクトリの移動まで行う事が出来たのですが、ECCUBEをインストールしているディレクトリで、以下を実行した所
「bin/console Permission denied.」と出てしまいました。
bin/console eccube:composer:require-already-installed

php bin/console eccube:composer:require-already-installed
を実行すると、今度は｢ECCUBEアップデートプラグイン1.0.2はECCUBE4.0.6-p1には対応していません。実行を続けますか？」
となりました。

どこで間違っているか教えて頂けると幸いです。

さくらインターネットのSSH接続に関してはこちらが参考になりそうです。

https://qiita.com/non0311/items/04222771ef9aa1970f7a

SSHかコンソールでサーバーにログインしてEC-CUBEをインストールしたディレクトリでコマンドを実行してください。

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http://ec-lab.net/

[EC-CUBE] EC-CUBEのバージョン　4.0.5
[レンタルサーバ] さくらインターネット
OSはWindows10です。

[導入プラグインの有無] ECCUBEペイメントLite4、お届け日数調整

[カスタマイズの有無] 無

お世話になります。

4.0.5から4.0.6へのバージョンアップを行っております。
アップデートプラグインでは、エラーが出てしまった為、以下サイトを元に手動で上書きを行っております。
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/compare/4.0.5-p1...4.0.6?w=1#files_bucket


今回お聞きしたいのは、 差し替え対象に、composer.json/composer.lockがある場合は 上書き後、composer.json/composer.lockの更新の手順を実施してください。
の部分で、

以下のコマンドを実行してください。
bin/console eccube:composer:require-already-installed

と記載が有るのですが、コマンド実行の方法がいまいち理解できておらず、どこで実行を行えばよろしいのでしょうか。

初歩的な質問で申し訳ございませんが何卒宜しくお願い致します。