わかりやすい説明ありがとうございます。

では、これからの対策とすれば、
(1)とにかくSSHの習得を目指す。
(2)それまでは、予定外の不具合に備えてプラグインをインストールするごとにフルバックアップを取っておく(最悪、インストール前には戻るので)
(3)バックアップ対象はvar以外の全フォルダと全データベース

ということでよろしいでしょうか。

P.S.
今回、顔が青ざめましたが今回の作業をもって、EC-CUBE内の各フォルダの働きが少しわかるようになりました。（特にapp）

行儀の悪いプラグインや、バージョンアップ系のプラグインは src フォルダに書き込みするものもあります

回答ありがとございます。

聞き忘れていましたが、srcフォルダについてはどうでしょうか？

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私は今までサーバー畑やWeb畑を通ることなく、Office系アプリの操作とVBA開発しかやって来なかった人間ですが、縁あってECサイトをお手伝いしています。

おっしゃる通り、最近になってSSHを知らないと話にならないと感じて、勉強を始めました。
とりあえずPoderosaをインストールして、初めてSSHを触り始めましたがまだほとんど入門者です。(≒ログインだけ)

引用：

はい、 var フォルダは自動生成されます

引用：

プラグインによっては vendor フォルダの中身が更新される場合があります。

EC-CUBE4系の運用を ssh などのコマンドライン無しで乗り切るのは大変難易度が高いです。
プラグインのインストール/削除/有効化/無効化などもコマンドラインの方が大変安定しています。
後々のために習得されることを強くおすすめいたします

何とか自力でプラグイン状況を復活できました。(全プラグインが完全に復帰したかどうか検証はまだできていませんが)

一応、経緯を報告しておきます。
(1)まず、9/27のバックアップを、プラグインが正常に動作していた9/9のものと勘違いしていました。
(2)cacheフォルダの中を全削除しました。
(3)appのpluginフォルダの中だけ、9/9時点のものに差し替えました。(他はそのまま)
(4)データベースの内、dtb_pluginテーブルだけ、9/9時点のものに差し替えました。(他はそのまま)
もっと大変な作業が必要と思っていましたが、以上のフォルダとテーブルの差し替えだけで、(今のところ)正常に動作しています。
間違っていることがあればアドバイス下さい。

あと、今後のために、2つ質問をさせて下さい。
・バックアップと復元のことだけなら、varフォルダはバックアップする必要はないという認識で合っていますでしょうか？
・EC-CUBEのバージョン(例えば、4.0.4とか)が同じ時期のvendorフォルダのバックアップがあれば、中身はどちらも同じと考えてよろしいでしょうか？

9/9のDBバックアップがないと申し上げましたが、訂正します。
プラグインが正常に動作していたテストサーバ―のDBのバックアップをテーブル単位でエキスポートしたものがあるので、これが9/9のDBバックアップに相当すると思います。

ありがとうございます。

まず、今までのテストサーバの構築の仕方は
app
bin
dockerbuild
html
src
var
vendor
をフルコピー
・インストールフォルダのルートは.env以外全部バックアップ
・フルバックアップに時間がかかりすぎていたため、varとvendorフォルダはバックアップをしていない時がありました。

2021/9/9のバックアップ
app
bin
dockerbuild
html
src
(この時はvarとvendorのバックアップは取っていませんでした)

2021/9/27のバックアップ
app
bin
dockerbuild
html
src
var
vendor

9/9がプラグインが正常であった時の状態です。(つまり9/9のvar,vendorのバックアップは存在しません)

現在運用中のもののため、DBのバックアップから本番サーバーへ上書きするようなことはしていません。(本番サーバーとテストサーバーはデータベースは別DBで、独立しています)
DBのバックアップは9/27の全テーブルまとめてのエキスポートをしています。(9/9のDBバックアップはありません)

かなり中途半端なバックアップで申し訳ありませんが、アドバイスをよろしくお願いいたします。

バックアップはどのようなデータが残っていますか？
基本、ECCUBEのファイル一式とデータベース一式が残っていれば復旧は可能と思います。

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株式会社シロハチ
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■blog

[EC-CUBE]4.0.4
[レンタルサーバ]さくらインターネット　ビジネスプロ(テスト環境はスタンダード)
[OS]Win10Pro
[PHP]7.4.24
[データベース]MySQL5.7.36
[WEBサーバ]Apache/2.4.51
[ブラウザ]FireFox
[導入プラグインの有無](1)SEOAllOne、(2)Google Analytics eコマース/拡張eコマースタグ設置プラグイン、(3)商品おすすめ順並び替えプラグイン for EC-CUBE4、(4)売上集計プラグインなど多数
[カスタマイズの有無]商品管理メニューの商品一覧画面で"商品説明(一覧)"項目を[＋]クリックする前から開いているように改良
[現象]
4.0.5⇒4.0.6へのバージョンアップ時にエラーが出て、元に戻せなくなりました。(システム設定では4.0.5ではなく4.0.4と表示される)
また、(1)(3)のプラグインで増えた項目が商品管理画面に表示されません。
さらに、うっかりして4.0.4⇒4.0.5へのバージョンアップ直後のバックアップを取っていませんでした。
そこで、プラグイン(1)(3)(4)が動作していた2つ前のバックアップに戻そうとしていますがうまくいっていません。

ちなみに、私はSSHの知識がなく、FTPでできる範囲のことしかできないのですが、少なくともプラグイン(1)(3)が動いていた4.0.4に戻したいと思っています。良い方法はないでしょうか？