ありがとうございます。
多分そのようです。テスト環境で一度試してみます。

ここで投稿する内容ではなかったかもしれません。
自力でMySQLについて調べて、ある程度理解できました。
一度テスト環境で試してみようと思います。

しかし、EC-CUBEは特にプラグインの不具合が多すぎて、リスクが高すぎます。(このコミュニティを見ていると、私だけでなく、他の方も苦労されているようです。)
アップデートで不具合が出た時に、最悪の場合でもアップデート前に戻る機能を付けて欲しいです。今の状態では怖すぎます。

GMO-PG決済プラグインの仕様は不明で恐縮ですが、
オートインクリメントの再設定でしたら

ALTER TABLE テーブル名 AUTO_INCREMENT = 設定したい数値;
とかでだめでしょうか？

[EC-CUBE]4.0.5
[レンタルサーバ]さくらインターネット　ビジネスプロ(テスト環境はスタンダード)
[OS]Win10Pro
[PHP]7.4.24
[データベース]MySQL5.7.36
[WEBサーバ]Apache/2.4.51
[ブラウザ]FireFox
[導入プラグインの有無]
(1)GMO-PG決済プラグイン
(2)SEOAllOne
(3)Google Analytics eコマース/拡張eコマースタグ設置プラグイン
など多数
[カスタマイズの有無]
商品管理メニューの商品一覧画面で"商品説明(一覧)"項目を[＋]クリックする前から開いているように改良

最近EC-CUBE本体とGMO-PG決済プラグインのアップデートした時のどちらか、もしくは両方のエラーに起因していると思われるのですが、
決済プラグインに関連する2つのテーブル
plg_gmo_payment_gateway_member(dtb_customerとクレジットカード情報を紐づけるテーブル)
plg_gmo_payment_gateway_order_payment(dtb_orderと決済情報を紐づけるテーブル)
がいずれも0レコードになっていました。（直接の原因は不明です）

そこで、データベースのバックアップをさかのぼり、1つ前はやはり0レコードだったので、2つ前のバックアップよりインポートして2つのテーブルの復元を試みました。
一見復活したように見えたのですが、2つのテーブルの先頭フィールド`id`のオートインクリメント属性を誤って消してしまいました。（オートインクリメント属性を消してしまった理由は今はわかりましたが詳細は割愛します。）

オートインクリメント属性が消えたせいだと思うのですが、plg_gmo_payment_gateway_order_paymentテーブルに`id`=0のレコードが20件近く入ってしまい、正しい決済情報が紐づかなくなってしまいました。（EC-CUBEのエラーチェックのおかげで誤った決済情報で処理されていないのがせめてもの救いです。）

(補足)
決済プラグインの開発元GMO-PGに問合せをしていましたが、原因究明をギブアップされたため、ここに投稿しています。
原因も大事ですが、何よりも最優先なのは2つのテーブルの`id`フィールドのオートインクリメント動作を元に戻し、正しい決済情報に紐づくようになることです。
中身自体は初歩的な質問なので恐縮ですが、力をお貸しください。