自己解決いたしました。
phpmyadminにて
　dtb_shipping
　dtb_order_item
のデータを削除することで、配送方法を削除することができました。
お手数おかけしました。

▼テンプレート
[EC-CUBE] EC-CUBE4.0.5、新規インストール
サーバーOS　Linux
DBサーバー　MySQL 5.7.27
WEBサーバー　Apache
PHP　7.4.28

[現象]
管理画面
　設定　店舗設定　配送方法設定　
配送方法一覧店舗設定
から、削除したい配送方法の　X をクリック

「関連するデータがあるため「XXXXXXX」を削除できませんでした」
とメッセージ表示され削除することができません。

商品の販売種別　に関係しているかと想像し、全て変更しましたが、同じ現象で配送方法を削除することができません。

何か他に関連しているデータにてご教授よろしくお願いいたします。
何卒よろしくお願いいたします。