> 1つの商品に対して、現金＋カード決済や下取り＋振込、などの場合、みなさんはどのような処理をしていらっしゃいますか？

EC-CUBEのカスタマイズが必要ですが、「内金」などの項目を追加したりなどを行い決済額に対しての「現金」決済と「カード決済」の決済処理を分ける様にすれば良いのではないでしょうか。
決済額の決済処理を分けるので、売上金額は変わらない処理になるかと思います。

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お世話になります。

Webでの注文と店頭での注文を一括してEC-CUBEで対応しています。

システムというより運用の問題もあるのですが、
1つの商品に対して、現金＋カード決済や下取り＋振込、などの場合、みなさんはどのような処理をしていらっしゃいますか？

現金や下取りをお値引きで処理すれば、カード決済などは問題ないのですが、売上集計の時に売上金額が実際よりも減ってしまいます。

お支払い情報で「前金」「下取り」などお値引きでなく、請求額を減らせばよいのかな？などできればよいな、と思いました。