EC-CUBEのバージョンなどの記載がないですが、
可能なら下記のサイトに記載の質問用テンプレートに沿って、
環境等の情報を記載すると、回答が得られやすいです。
システムなどがわからない様であれば、下記に記載のインテグレートパートナーに相談されることをお勧めします。
https://www.ec-cube.net/integrate/partner/

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EC-CUBEインテグレートパートナー【ゴールド】ランク
M&I Works
URL: https://miworks.biz/
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EC-CUBEを利用している基本的な情報が記載してください。
下記のページに記載されている質問テンプレートを参考にしたらいいと思います。
https://xoops.ec-cube.net/modules/tinyd0/index.php?id=8
後はエラーの該当部分のログがあればいいと思います。

私もプラグイン周り（インストールや有効化・無効化）でEC-CUBEが壊れる（フロントや管理画面にアクセスできなくなる）経験を何度もしております。

私の場合、varディレクトリ内のキャッシュ削除だけでは復旧したことが一度もありません。

私が実施した復旧方法としては、（バックアップがあればですが）vendorディレクトリのファイルを全てエラー発生前の状態に上書きアップロードすることになります。

ちなみに、私の環境は
EC-CUBE 4.1.0
Xserver スタンダードプラン
です。

一度サーバ上のキャッシュを削除してみてはいかがでしょうか？

開発モードなら /var/cache/dev/*
本番モードなら /var/cache/prod/*
を削除する。

もしくは、ターミナルでサーバにアクセスし、ECCUBEのディレクトリに移動して、下記のコマンドを実行すればキャッシュの削除ができます。
$ bin/console cache:clear --no-warmup

EC CUBEにてプラグインを無効にしていたところ、「システムエラーが発生しました」という表示が出てしまいログインすらできなくなってしまいました。
ページも見たところ消えてしまっています。
どうにかしてログインしてページを復活させることはできないのでしょうか。
何卒宜しくお願い致します。