XServer標準で設定されているComposerのバージョンが1.9のようです。このバージョンを利用するとうまく動作しないようです。

SSH接続することで、Composerのバージョンを変更できますが、EC-CUBEインターフェースからの動作に関しては、その変更が影響しません。

SSH接続して、コマンドラインベースで作業することでうまく動作する可能性があります。一度お試しください。

https://doc4.ec-cube.net/plugin_install

エックスサーバーはデータベースのバージョンを見るに、最近ではなく若干前に契約されたサーバーですか？

最近いくつかエックスサーバーで契約したのですが、そこではプラグイン有効化・無効化を行ってもエラーにはならないですね。

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> 上記issueがあり、根本解決せずにCloseとなっておりました。
> 通常利用でこのようなエラーがおこるので、CLOSEはどうかなと思いますが
> 現時点でのエラーは仕方がないということでよろしいのでしょうか？

公式な見解ではないですが、現時点でのエラーは仕方ないと思います。
下記のissuesまたは新規issuesでも良いと思いますが、プラグイン名などを記載し事象例をアップしていく事で優先度等が挙がる場合もあるかと思います。
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/5965

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URL: https://miworks.biz/
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▼テンプレート
[EC-CUBE] 4.2.3 エックスサーバー簡単インストール4.2.2でも同様の事象
[レンタルサーバ] エックスサーバー
[OS] Linux 5.4.0-172-generic #190~18.04.1-Ubuntu SMP Fri Feb 9 12:27:30 UTC 2024 x86_64
[PHP] PHP Version 8.1.22
[データベース] MySQL 5.7.16
[WEBサーバ] Apache
[ブラウザ] Chrome バージョン: 125.0.6422.142 記入時最新バージョン
[導入プラグインの有無] なし
[カスタマイズの有無] なし
[現象]
インストール時、sodium拡張がない　文言ありそのままインストール
※api利用はないためそのまま続行

エックスサーバー上にインストール後
・認証キー登録でシステムエラーが起こる
・プラグイン有効無効にするとシステムエラーが起こる

エラー画面からログイン画面へのボタンを2度押すと、
管理画面ログインページへ遷移し、保存しましたメッセージも表示される

設定値は保存されているが、プラグイン関連の操作時にかならずといっていいほど起こります。
SSHにてprodディレクトリ内を全削除、1度はエラーが出ないが、再度行うと同様のエラーが起こる

adminログを確認すると

システムエラーが発生しました。 ["Failed opening required '/home/funcube/ドメイン/public_html/ディレクトリ/var/cache/prod/doctrine/orm/Proxies/__CG__EccubeEntityMasterWork.php'
キャッシュファイルへの読み取りエラーとなります。

同様のことをネット検索すると
4.2.1 オーナーズストア経由のプラグインインストール>有効化でエラー発生 #5965
https://github.com/EC-CUBE/ec-cube/issues/5965

上記issueがあり、根本解決せずにCloseとなっておりました。
通常利用でこのようなエラーがおこるので、CLOSEはどうかなと思いますが
現時点でのエラーは仕方がないということでよろしいのでしょうか？