こちらdata\cacheにマスタ情報が残っていたことによる問題で、手で削除することで解決できました。
ありがとうございました。

yuh 様
お世話になっております。
Smartyのテンプレートで同じくチェックボックスを使用しているステータスを確認してもfor eachを使用しておらず、optionsにある$arrSTATUSを追ってもLC_Page_Admin_Products_ProductでgetMasterを使用しているだけであり、for eachを使用しない何かしらの方法があると思うのですが、ご存じないでしょうか？

$this->arrSTATUS = $masterData->getMasterData('mtb_status');

・tmpl
<th>商品ステータス</th>
<td>
<!--{html_checkboxes name="product_status" options=$arrSTATUS selected=$arrForm.product_status separator='&nbsp;&nbsp;'}-->
</td>

商品ステータス □NEW □残りわずか □ポイント２倍 □オススメ

Smartyのテンプレート側を他のところと同じ様な感じでfor eachでやってみるとできると思います

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http://ec-lab.net/

[EC-CUBE]2.17、新規インストール
[レンタルサーバ]ローカル環境
[OS]windows10
[PHP]7.4.33
[データベース]mysql8.0
[WEBサーバ]DockerDesktop4.33.1(Ubuntu)
[ブラウザ]chrome
[導入プラグインの有無]なし
[カスタマイズの有無]なし
[現象]
お世話になっております。
現在2系の商品登録画面にて「ジャンル」というManyToManyの独自項目（値はmtb_genre）を商品ステータスを参考に追加しているのですが、商品登録にジャンルの１つ目しか表示されません。
こちら以下LC_Page_Admin_Products_Product.php、product.tpl以外に改修すべき箇所があるのでしょうか？
初歩的な質問で恐縮ですが、ご回答いただけますと幸いです。

・mtb_genre
id name rank
1 ジャンル1 1
2 ジャンル2 2
3 ジャンル3 3


・LC_Page_Admin_Products_Product.php
/**
* Page を初期化する.
*
* @return void
*/
public function init()
{
parent::init();
$this->tpl_mainpage = 'products/product.tpl';
$this->tpl_mainno = 'products';
$this->tpl_subno = 'product';
$this->tpl_maintitle = '商品管理';
$this->tpl_subtitle = '商品登録';

$masterData = new SC_DB_MasterData_Ex();
$this->arrProductType = $masterData->getMasterData('mtb_product_type');
$this->arrDISP = $masterData->getMasterData('mtb_disp');
$this->arrSTATUS = $masterData->getMasterData('mtb_status');
$this->arrGENRE = $masterData->getMasterData('mtb_genre');
$this->arrSTATUS_IMAGE = $masterData->getMasterData('mtb_status_image');
$this->arrDELIVERYDATE = $masterData->getMasterData('mtb_delivery_date');
$this->arrMaker = SC_Helper_Maker_Ex::getIDValueList();
$this->arrAllowedTag = $masterData->getMasterData('mtb_allowed_tag');
}

・product.tpl（該当部）
<tr>
<th>ジャンル</th>
<td>
<!--{html_checkboxes name="product_genre" options=$arrGENRE selected=$arrForm.product_genre separator='&nbsp;&nbsp;'}-->
</td>
</tr>