本番と開発で差分があると後々トラブルになるので、プラグインはオフにした状態で一致させるのがいいと思います。

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基本的にインストールされてるものは、本番と他環境で違いが無い方が良いと思いますね
プラグイン利用したくない環境では、別途該当のプラグインを無効にしておけば良い気がします

Git 管理の対象から外すのが良いと思います。

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トエビス株式会社　田中 宏典
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gitを使っているならブランチを分けて環境ごとに管理すればいいのではないでしょうか。

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[EC-CUBE]4,3,0
ローカルではプラグインを使用せずに本番では使用している都合上、composer.jsonとlockの内容に差異が出てしまいます。（gitの管理対象となっているため）

この場合の対処はどのように行えばよろしいでしょうか？

なお、 こちらでぱっと思いついたのは、どちらのファイルもgit上にあるファイルを削除した上でgitignoreとする代わりに、初期状態のcomposer.jsonとlockをリネームしたうえで管理対象とし、ローカル環境を新たに構築する際に正式名に再度リネームした後composer install等を行えばよいのではないかと思いました。