システム設定⇒マスターデータ管理⇒mtb_mail_templateより、
IDを任意（といっても999とか）で新規に追加し、
mtb_mail_tpl_pathより追加したIDにてテンプレートを割り振りしましたが、基本情報管理⇒メール設定で確認しますとデフォルトの項目のみしかプルダウンに表示されず、追加したはずのテンプレートが反映されませんでした。
ちなみにphpmyadminにてmtb_mail_templateを確認しますと、追加した内容は反映されてました。

どなたか改善策ご存じありませんでしょうか？

EC-CUBEバージョン 2.11.1
PHPバージョン PHP 5.3.0
DBバージョン MySQL 5.1.40-log

手元の 2.11.2 環境で試してみましたが、基本情報管理＞メール設定には、問題なく表示されました。
この辺の処理は 2.11.1 から変わっていなさそうなので、以下の点を参考にもう一度お試しいただくとどうでしょうか。

・mtb_mail_template に、ID：999 と 値：test を挿入して、登録を行う。
・mtb_mail_tpl_path に、ID: 999 と 値：mail_templates/test.tpl を挿入して登録を行う。
・data/Smarty/templates/default/mail_templates/test.tpl を手動で作成する。（他のテンプレートをコピーすると良い）
・目的に応じて data/Smarty/templates/default/mail_templates/test.tpl をカスタマイズ。