自己解決を目指しておりましたが、皆さんのお力拝借したくお願いいたします。
環境
EC-CUBE　1.3.4
サーバはCORESERVER.JP（xreaの上位、新サーバ）
Apache 1.3.37
PHP 5.2.3
MySQL 5.1.20-beta

.htaccess

AddHandler application/x-httpd-phpcgi .php
php_value mbstring.language Japanese
php_value output_handler mb_output_handler
php_flag mbstring.encoding_translation Off
php_flag magic_quotes_gpc Off
php_value mbstring.http_input auto
php_value mbstring.http_output EUC-JP
php_value mbstring.internal_encoding EUC-JP
php_value mbstring.script_encoding EUC-JP
php_flag register_long_arrays ON
--------------------------------------------
php.ini

magic_quotes_gpc = Off
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上記設定で使用しております。

管理画面→受注管理→検索条件設定→この条件で検索する
で下段に検索結果が表示され、メール→通知→メール配信画面
テンプレートを選んで送信内容を確認で文字化けが発生します。
上段発送済み「件名を」クリックで別画面が立ち上がりますが
そちらは正常に表示されます。
画面
--------------------------------------------
件名 ご注文ありがとうございます。
本文　$B:4F#(B $BL-(B $BMM(B

$B$3$NEY$O$4CmJ8$$$?$@$-@?$KM-Fq$&;$4$6$$$^$9!#(B
$B2<5-$4CmJ8FbMF$K$*4V0c$($,$J$$$+$43NG'2<$5$$!#(B

******************************************************************
$B!!G[Aw>pJs$H$4@A5a6b3[(B
******************************************************************

$B$4CmJ8HV9f!'(B3
$B$*;YJ'9g7W!'!o(B 866
$B$47h:QJ}K!!'6d9T?69~(B
$B!!$*FO$1F|!'(B07/09/15($BEZ(B)

　　　以下省略
--------------------------------------------
このまま送信しても、正常に受信できております。

よろしくお願いします。