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[EC-CUBE] 2.13.1 (新規)
[レンタルサーバ] ローカルPC
[OS] Windows NT ** build 7601 (Windows 7 Home Premium Edition Service Pack 1) i586
[PHP] 5.4.7
[データベース] MySQL 5.5.27
[WEBサーバ] Apache/2.4.3 (Win32) OpenSSL/1.0.1c
[ブラウザ] FF26.0、IE11.0.9600.16476
[現象] カテゴリ一覧に表示されない項目があります。
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同様の記事を探しましたが、私には見つける事ができませんでした。
もしありましたら、お叱りの前にURLを教えてください。

商用リリース前の開発環境で発見した事象で困っています。
先ず環境ですが、2.12.6が動いている横に、2.13.1を新規でインストールしています。
ただし、DBは差分をコマンドで補正し共通のものを利用しています。

本題：
2.12.6では表示されているカテゴリで、2.13.1では表示されないカテゴリが発生しています。
例：
aカテゴリ
-a1カテゴリ
-a1Aカテゴリ
-a1Bカテゴリ
-a2カテゴリ
-a2Aカテゴリ
-a2A1カテゴリ
-a2A2カテゴリ
-a2A3カテゴリ
-a2Bカテゴリ
-a3カテゴリ
-a4カテゴリ
-a4Aカテゴリ
-a4A1カテゴリ(*)
-a4A2カテゴリ(*)
-a4Bカテゴリ
-a4B1カテゴリ(*)
-a4B2カテゴリ(*)
-a4Cカテゴリ
-a4C1カテゴリ(*)
bカテゴリ

2.12.6で表示されているカテゴリツリーを上記とすると、
2.13.1では(*)を付与したカテゴリが表示されない状態です。
同じネストの「a2Aカテゴリ」配下は表示されています。

なお、エラーログ等は出力されていず、正常動作として動いている模様です。

説明が下手なので１日コードを追っていましたが、
すみません、有識者の皆様にアドバイスを頂きたく、
よろしくお願いいたします。