いつもお世話になっております。
参考にさせていただき、助かっております。

今回、どうしても分からない点がございまして、投稿させていただきます。

現在構築したECCubeにて、在庫情報を一括csv登録、DB直でのupdateを行う際に、
規格を持っている商品のdtb_products_classのcategory_id1、category_id2がnullのデータがupdateされ、自動的にdel_flagが1から0に更新される、
もしくは勝手にinsertされてしまい、規格データの一番新しいIDで初期値のnull,nullのデータが入ってしまい、規格が表示されなくなるということが
発生しています。

説明が難しく、うまくお伝えできていないかもしれませんが、こちら原因がおわかりに成る方はいらっしゃいますでしょうか。。

下記、添付画像です。
http://y-shuji.com/tmp/ec01.png


どうか、ご教示いただけますと助かります。
何卒宜しくお願い致します。

【追記】
このECCubeは、旧ECサイトからデータを移行したものになります。
そのため、初期値であろうcategory_id1,category_id2が0 0のデータは最初発生したときはありませんでした。
その為、添付画像のモザイクの箇所には全て規格と紐付いた、使用しているデータが入っております

【追記2】
各スペックです。
ECCube 2.13.5
PHP 5.6.28
MySQL 10.0.28-MariaDB
webサーバ Apache

【追記3】
検証を行った際の挙動です。

1. 更新をする際にcategory_id1、category_id2が0 0のデータがない場合
　→　新規にinsertされ、del_flagは0のため規格が正しく表示されない。
2. 更新する際にcategory_id1、category_id2が0 0のデータがあり、かつdel_flagが1の状態の場合
　→　既存のデータがupdateされ、del_flagが0に戻っている。
3. 該当のデータのidを無理やり書き換え、現状既に登録されている規格データのidより前にした場合
　→　既存のデータが削除され、新しく該当のものと同じデータがinsertされている