お世話になっています。

現在、EC-CUBEペイメント決済プラグイン(3.0系)を使用しています。
こちらに加えて今から定期購入プラグインを導入しようと思っておりますが、決済プラグインのバージョンが条件を満たしていないため動作ができません。

そこで更新をかけたいと思っているのですが、更新ボタンをクリックすると
「アップロードに失敗しました。圧縮ファイルを確認してください。」
と表示されます。

こちらのエラーを解消する方法をどなたかご存知でないでしょうか？
一度削除をしてアップロードをすると上手くいくのですが、
色々とカスタマイズをしていたり本番運用でも使っているため、
初期化してしまうこちらの方法は
あまり使いたくありません。

どなたか良い案等おわかりでしたら、
ご教授いただけませんでしょうか？
どうぞよろしくお願い致します。