▼テンプレート
[EC-CUBE] EC-CUBEのバージョン、新規インストールかアップデートか、等
[レンタルサーバ] さくらサーバー
[OS] FreeBSD 9.1-RELEASE-p24
[PHP] PHP Version 7.1.17
[データベース] MySQL 5.7.21
[WEBサーバ] Apache
[ブラウザ] Firefox 60.0.0.2/Chorome 67.0.3396.99
[導入プラグインの有無] なし
[カスタマイズの有無] なし

[現象]
PHP初心者のため、何卒よろしくお願い申し上げますｍｍ
サイズの大きな（10M程度以上）プラグインをインストールしようとすると、「504 Gateway Time-out nginx」エラーが発生してインストールが行えない状況です。さくら側に確認したところ、このタイムアウトの設定はサーバー上の仕様のため、解除は出来ないとの事でした。
FTPでのアップロードは可能なので、解凍して「root/app/Plugin/」フォルダアップロードしてみましたが、プラグインとして認識されませんでした。
どうしても必要なプラグインなので、FTP経由でのアップロード等による手動インストールの方法をご存知の方がいらっしゃいましたらご教示頂きたくお願い申し上げますｍｍ

追記
ini.phpのタイムアウトは解除しておりますが、nagixサーバーの制限（恐らくファイルサイズ）でエラーとなっているので、指定フォルダに圧縮ファイルをアップロードした後からの、処理プログラムが走れば良いと思うのですが、
圧縮ファイルのアップロード先と、プラグインの解凍、インストールの実行プログラムの指定方法がわかりません。

専用サーバーならば、サーバーのコンソールから対象ディレクトリにアクセスし、
---
$ php app/console plugin:develop install --code=プラグイン名
---
のコマンドで手動インストールが可能だとは思うのですが、
レンタルサーバーの権限では行えません。

私はphpの経験がないのですが、aspやcoldfusionあたりだと、外部から実行できるコンポーネント的なものがあったります。
圧縮ファイル（tar.gz）アップロードして、
解凍から始まる、外部から実行できるファンクションなどは存在しないのでしょうか？

どなたか、同様の経験をお持ちの方、また、些細なヒントでも結構ですのでどうかお助け頂きたく、お願い申し上げます。