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[EC-CUBE] 3.0.16、新規インストール

[OS] CentOS Linux 6.4
[PHP] 使用しているPHPのバージョン

[現象]
EC-CUBEをドキュメント直下にインストールしました。
トップページは「https://xxxxx/html/」、「https://xxxxx/html/index.php」どちらでも表示できます。
しかし、トップページで商品等をクリックして別ページへ遷移すると「Not Found The requested URL /html/index.php was not found on this server.」となってしまいます。
※管理画面への遷移も「index.php」をつけないと同様です。

index.phpをつければ画面遷移や管理画面の動作ももんだいありませんが、
プラグインが動作しないということで困っております。

同様のサーバーにインストールした別のEC-CUBEは「index.php」なしで動作するためサーバーの問題ではなさそうです。

よろしくお願いいたします。