[EC-CUBE] 3.0.16

ここで質問するのが妥当がどうか不明ですが、運用面も含めた質問です。（EC-CUBE初心者です。）

EC-CUBE3にてECサイト立ち上げを予定し、構築中です。
実店舗も存在し商品種はそれなりにありますが、ECサイトでは商品を絞って展開する予定です。
ただしお問い合わせによっては、実店舗には在庫がありECサイトで扱ってない商品でもECサイト上で販売を行いたいです。

つまり、特定のユーザに対して特定の商品を販売することになりますが、こうした場合（特にクレジット決済）、運用的にどのようにすべきでしょうか？

ちなみに、商品を非公開で商品マスタに登録し、受注登録を行うことで受注まではショップ側で代理での処理が出来ましたが、これはクレジット決済以外の場合です。
クレジット決済となると注文確定まで進められないと思っております。（現在、クレジット決済ができる状態でありませんので、確認ができません。）

またカスタマイズが必要であるなら、どのようなカスタマイズが考えられますでしょうか？
商品マスタで特定の商品にユーザIDを設定できるようにし、そのユーザIDでログインした場合のみ商品一覧でその商品を選択することができるようにする。
といったことは考えられますが、運用回避方法も含め不明な状態です。

よろしくお願いします。