自己解決しましたが、
ログとして残します。

[EC-CUBE] 3.0.17
[レンタルサーバ] エックスサーバー
[導入プラグインの有無] 帳票出力プラグイン、AmazonPay 1.3.5
[現象]　公式プラグインの「帳票出力プラグイン」とAmazonでの決済を有効にする「AmazonPay」を併用した場合、受注管理一覧で「帳簿出力」が効かなくなる。また、右上プルダウンのその他の中でなく、その外に「帳簿出力」のリンクが生成させる。
[原因]　HTMLの生成時にJSのイベントが設定されない。おそらくAmazon Payの影響でDOMに変化があったため
※それっぽい記述が「/app/Plugin/OrderPdf/Event/OrderPdfLegacy.php」内のgetHtmlメソッド内にありました。
[対処]　イベント自体は既に準備されているので、HTMLとJSの記述を変えました。
以下の２点です

1. idを追加
「/app/Plugin/OrderPdf/Resource/template/admin/order_pdf_menu.twig」のliにIDを付加

<li><a href="{{ url('plugin_admin_order_pdf') }}" >帳票出力</a></li>
　↓
<li id="order_pdf_menu_list"><a href="{{ url('plugin_admin_order_pdf') }}" >帳票出力</a></li>

2.JSのイベントのセレクタに要素を追加
「/src/Eccube/Resource/template/admin/Order/index.twig」

71行目ぐらい
$('#dropmenu ul a').click(function(event) {
　↓
$('#dropmenu ul a,li#order_pdf_menu_list a').click(function(event) {

[備考]　とりあえず簡易にやっています。他にもスマートな方法あればお願いします。